Eesti Kirikute Nõukogu hakkab 2007.a. märtsis valima järgmiseks kolmeaastaseks tööperioodiks presidenti ja asepresidente.

Tänasel kirikute nõukogu töökoosolekul Eesti Apostliku Õigeusu Kiriku Püha Platoni keskuses paluti kirikujuhtidel esitada ettepanekud järgmise aasta märtsis valitavate presidendi- ja asepresidentide kandidaatide kohta.

15. märtsil 2007. aastal valitakse nõukogu president ja asepresidendid põhikirja järgi konsensuse printsiibil. Presidendi ja asepresidentide ülesandeks on nõukogu tegevust koordineerida ja esindada.

Praegune president Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku piiskop Einar Soone on korduvalt tagasivalituna juhtinud kirikute nõukogu tööd alates 1993. aastast.

Eesti Kirikute Nõukogu asepresidendid on Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu pastor Joosep Tammo ja Rooma-Katoliku Kiriku piiskop Eestis Philippe Jourdan.